Dalam perkembangannya, MAN Yogyakarta III untuk wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta ditetapkan sebagai MAN MODEL dengan SK Dirjen Binbaga Islam Departemen Agama RI No.E.IV / PP.00.6 / KEP /17.A / 98.
MAN Model
Secara khusus Madrasah Aliyah Model bertujuan menghasilkan keluaran pendidikan yang memiliki keunggulan dalam hal :
- Keimanan dan ketaqwaan kepada Tuhan Yang Maha Esa.
- Nasionalisme dan Patriotisme yang tinggi.
- Wawasan Iptek yang mendalam dan luas.
- Motivasi dan komitmen yang tinggi untuk mencapai prestasi dan keunggulan.
- Kepekaan sosial dan kepemimpinan.
- Disiplin yang tinggi dan ditunjang oleh kondisi fisik yang prima.
Kurikulum Plus
Kurikulum yang diberlakukan adalah kurikulum 1994 plus Kurikulum Inovasi MAN Yogyakarta III.
- Mulai kelas 2 dibuka dua program yang masing-masing terdiri dari Jurusan IPA dan IPS:
- P3A (Program Pengembangan Potensi Akademik)
Terdiri dari dua jurusan : P3A Jurusan IPA dan P3A Jurusan IPS.
Program ini disediakan untuk siswa yang berminat dan memiliki kemampuan untuk melanjutkan pendidikannya ke Perguruan Tinggi. - PPHM (Program Persiapan Hidup Mandiri)
Terdiri dari dua jurusan : PPHM Jurusan IPA dan PPHM Jurusan IPS
PPHM IPA memiliki spesifikasi:
Ketrampilan Teknisi Komputer dan Industri Mebelair. Sedangkan PPHM IPS memiliki spesifikasi Ketrampilan Tata Busana dan Kerajinan Batik. Program PPHM ini disediakan untuk siswa yang tidak berminat untuk melanjutkan pendidikannya ke Perguruan Tinggi tetapi menginginkan bekal hidup mandiri (ketrampilan / persiapan kerja).
- P3A (Program Pengembangan Potensi Akademik)
- Pembekalan penguasaan Bahasa Asing secara aktif :
- Pada bahasa Inggris, ditambahkan materi khusus (mata pelajaran) Conversation 12 jam pelajaran untuk cawu 1 kelas 1 dan 4 jam pelajaran pada Cawu berikutnya.
- Pada bahasa Arab, ditambahkan materi khusus (mata pelajaran) Muhadatsah 10 jam pelajaran untuk cawu 1 kelas 2 dan 2 jam pelajaran pada cawu berikutnya.
- Pendidikan Apresiasi dan Aplikasi Komputer menjadi mata pelajaran intrakurikuler untuk semua kelas 2 jam pelajaran perminggu.
- Pendidikan Jasmani dan Kesehatan (Penjakes / Olah raga) diarahkan pada Olah Raga prestasi. Intrakurikuler Olah Raga ini ditangani pelatih profesional dan dilaksanakan sore hari.
- Ada tambahan mata pelajaran baru : Pendidikan Penalaran dan Minat Baca (PPMB
- Jumlah jam mata pelajaran perminggu pada setiap cawu tidak selalu sama, sebagian mata pelajaran tidak ditatapmukakan secara penuh (ada reduksi jumlah jam tatap muka kelas).





